Collectie portretprenten van de Universiteit van Amsterdam

In 1632 werd in Amsterdam een plaatselijke instelling voor hoger onderwijs opgericht, het zogenaamde Athenaeum Illustre. Het was geen universiteit - men kon er niet promoveren -, maar wel een goede vooropleiding. De studie werd vervolgens afgerond aan een universiteit. De eerste hoogleraren in Amsterdam, beide afkomstig van de Leidse universiteit, waren van hoog niveau: de hoogleraar in de geschiedenis Gerardus Johannes Vossius en de hoogleraar in de wijsbegeerte Caspar Barlaeus.

Amsterdam kende naast het Athenaeum verscheidene andere, meer praktijkgerichte opleidingen. In de eerste plaats was er het Collegium Chirurgicum, dat al vóór 1632 opleidingen verzorgde voor chirurgijns. Een van de beroemdste chirurgijns was ongetwijfeld Nicolaas Tulp. Daarnaast waren er enkele kerkelijke opleidingen - voor Remonstranten vanaf 1634 en voor Doopsgezinden vanaf 1681 - die hier onder andere gevestigd waren vanwege de grote geestelijke vrijheid in de stad. Studenten van deze instellingen volgden soms colleges aan het Athenaeum Illustre.

In de 17e en 18e eeuw leidde het Athenaeum een wisselvallig bestaan. In de 19e eeuw werd het belang van de instelling groter. In 1815 werd de taak van het Athenaeum Illustre wettelijk vastgelegd als "het ten minste gedeeltelijk vervangen van de hoogescholen en van het akademisch onderwijs ten behoeve van die jongelieden, welke door hunne omstandigheden verhinderd worden, den tijd, tot eene akademische loopbaan noodzakelijk, geheel aan eene der hoogescholen door te brengen". Daarnaast verzorgde het Athenaeum vanaf 1800 lessen ten behoeve van niet-universitaire beroepsopleidingen, in het bijzonder aan apothekers- en heelmeestersleerlingen. Nieuwe opleidingen waarmee werd samengewerkt, waren het in 1816 opgerichte Evangelisch-Luthers Seminarium en de Klinische School, die in 1828 de taak overnam van het in 1798 opgeheven Collegium Chirurgicum.

In 1877 werd het Athenaeum verheven tot Universiteit van Amsterdam. Voor het eerst konden studenten in Amsterdam promoveren. Een tweede bloei zette in. Zeker op het gebied van de bètawetenschappen telde de Universiteit van Amsterdam vele grootheden onder haar gelederen, onder wie enkele Nobelprijswinnaars, zoals Jacobus Henricus van 't Hoff (1901), Pieter Zeeman (1902) en Johannes Diderik van der Waals (1910). Tobias Asser won de Nobelprijs voor de vrede (1911).

Dankzij haar gemeentelijke status kon de Universiteit van Amsterdam eerder dan de rijksuniversiteiten worden uitgebreid met een economische faculteit (1922) en een politiek-sociale faculteit (1947). Met ingang van 1961 nam de rijksoverheid de financiering van de gemeente over en werd het benoemingsrecht van de hoogleraren bij het College van Curatoren gelegd. De invloed van de gemeente bleef aanwezig tot 1971. Toen werd het benoemingsrecht overgenomen door het College van Bestuur, waarin de gemeente niet meer vertegenwoordigd was.